Samuel Rutherford sinh tại giáo xứ Nisbet (nay là một phần của Crailing), Roxburghshire, ở Scottish Borders vào khoảng năm 1600. Không có thông tin chính xác về cha mẹ ông, nhưng ông thuộc dòng dõi giống như Roxburghs of Hunthill (từ đó Sir Walter Scott có dòng dõi) và cha ông được cho là một nông dân hoặc thợ xay. Một người anh của ông là giáo viên tại Kirkcudbright và là một người đọc Kinh Thánh, và người anh em khác của ông là một sĩ quan trong quân đội Hà Lan.

Rutherford được học tại Trường Trung học Jedburgh và Đại học Edinburgh. Sau khi tốt nghiệp với bằng M.A. vào năm 1621, ông được bổ nhiệm làm giáo sư tại Edinburgh vào năm 1623.[3] Ông từ chức khỏi vị trí đó vào năm 1626, vì hành vi không đứng đắn với Euphame Hamilton, người sau này trở thành vợ của ông. [4] Ông được công nhận tại Anwoth Kirkcudbrightshire, Galloway vào năm 1627, có lẽ không được chấp thuận bởi giám mục. Ở đó, có người nói về ông rằng "ông ta luôn cầu nguyện, luôn giảng đạo, luôn thăm viếng người ốm, luôn giảng giải, luôn viết và học tập". [5][6] Một trong những nhà bảo trợ của ông ở Galloway là John Gordon, tước danh Viscount of Kenmure đã qua đời vào năm 1644. Vợ của ông, Jane Gordon, Nữ tước Kenmure, là một người trao đổi thường xuyên [7] và luôn hỗ trợ ông và công việc của ông.[8]

Năm 1630, ông bị triệu tập trước Tòa Án Thượng Viện, nhưng cáo buộc vi phạm quy định không tuân thủ không được tiếp tục. Chủ yếu vì việc xuất bản một tác phẩm chống lại Arminianism, ông lại bị buộc tội vào năm 1636 bởi Giám mục Sydserff, và sau khi trải qua các thủ tục tại Wigtown, ông bị trích xuất trước Ủy ban và bị cấm, vào ngày 27 tháng 7, khỏi việc làm mục sư, và buộc phải cư trú tại Aberdeen theo ý muốn của Vua. Trong thời gian này, ông đã viết nhiều trong số các bức Thư nổi tiếng của ông. Bàn làm việc của ông tại đó được cho là, "có lẽ là bục giảng hiệu quả và lan rộng nhất tại cựu thế giới Kitô giáo." [9]

Vào tháng 2 năm 1638, Rutherford trở về Anwoth và tham dự Hội nghị Glasgow trong năm đó như một trong hai đại diện của Hội sư của ông. Ngay sau đó, ông được bầu làm một trong số các mục sư của Edinburgh, nhưng Ủy ban Hội đồng chỉ định ông, hơn thế, làm Giáo sư Thần học tại Đại học St Andrews, vị trí mà ông chỉ chấp nhận với điều kiện được phép làm cộng sự với Robert Blair, một trong các mục sư của St Andrews, vào ngày 7 tháng 1 năm 1639. Ông là một thành viên của các Hội nghị tiếp theo và liên tục ủng hộ Đảng Thống hôn. Năm 1643, ông được bổ nhiệm là một trong bốn ủy viên chính của Ủy ban Giáo hội Scotland tham gia Hội nghị Westminster và đã giảng đường một số lần trước Quốc hội, ở lại Luân Đôn trong bốn năm. [3]

Rutherford được bổ nhiệm làm Hiệu trưởng của St Mary's College ở St Andrews (sau này sáp nhập để trở thành Đại học St Andrews) vào năm 1647 thay cho Robert Howie.[10] Năm 1648, ông được đề nghị giảng dạy môn Thần học tại Harderwyck ở Hà Lan, năm 1649 là ghế giáo sư tại Edinburgh, và năm 1651 ông hai lần được bầu làm giáo sư tại Utrecht, nhưng ông đã từ chối tất cả. Trong các năm 1643, 1644, 1650 và 1651, ông được bầu làm Hiệu trưởng của Đại học St Andrews và vào năm 1650, trong chuyến thăm St Andrews của Charles II, ông đã phát biểu bằng tiếng Latin về nghĩa vụ của các vị vua. Rutherford là một người theo chủ nghĩa Cải cách kiên quyết trong cuộc tranh cãi giữa các giáo sĩ trong Giáo hội Caledonia Scotland giữa những người thuộc các phái Quyết định viên và Người phản đối vào những năm 1650.

Sau khi phục hưng, ông là một trong những người đầu tiên bị đánh đốn: cuốn sách của ông Lex Rex bị ủy ban tiểu bang ra lệnh đốt tại các điểm Crosses ở Edinburgh và St Andrews bởi thợ treo cổ thông thường, trong khi "Drunken Parliament" đã cướp đoạt tất cả các vị trí của ông[3] và quyết định không cho phép ông chết trong trường.[11] Ông được trích ra trước Quốc hội với cáo buộc phản quốc, nhưng ông qua đời vào ngày 29 tháng 3 năm 1661 [ngày 20 trên tấm bia mộ của ông là một lỗi]. Ông được chôn cất tại nghĩa địa nhà thờ St Andrews Cathedral phía tây của tháp chuông. Tục ngữ trên tấm bia mộ của ông bao gồm câu 'Acquainted with Emmanuel's Love'.[12]